Il Centro cresce grazie ad importanti progetti sulla criminalità transnazionale realizzati per l'Unione Europea ed è così che nel gennaio del 2000 Transcrime diventa Centro Interdipartimentale di ricerca sulla criminalità transnazionale dell'Università degli Studi di Trento. Al Centro afferiscono, oltre al Dipartimento di Scienze Giuridiche, quelli di Sociologia e Ricerca Sociale, Economia e Scienze Umane e Sociali potenziando così l'integrazione tra criminologia, diritto, economia, statistica, sociologia e psicologia.
Dal gennaio 2004 Transcrime diviene Centro interuniversitario di ricerca sulla criminalità transnazionale dell'Università degli Studi di Trento e dell'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano beneficiando così dell'apporto scientifico delle due Università. Infine, dal gennaio 2010, le Università consorziate concordano di trasferire la sede amministrativa del Centro dall'Università degli Studi di Trento all'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano.